首席专家

李慧慧，研究员、博士生导师，现任中国农业科学院国家南繁研究院副院长、大数据智能设计育种创新团队首席、作物科学研究所作物基因与分子设计中心副主任。自2005年以来一直致力于作物数量遗传学研究，围绕数量性状遗传解析方法及育种应用，开发了系列方法和软件，在国内外上千家科研和育种单位广泛应用。在Molecular Plant, Nature Plants, Plant Biotechnology Journal, Trends in Plant Science, Trends in Genetics等期刊以第一/通讯作者发表论文48篇，其中单篇他引超过1100次的论文3篇。获国家基金委优秀青年科学基金项目资助，获中国农学会青年科技奖，并入选中国农科院“农科英才”领军人才。担任中国作物学会智慧农业专业委员会秘书长，中国生物信息学会（筹）农林信息学专业委员会常务委员，研究成果获得2023年度海南省十大杰出农业科技成果。农学国际主流期刊Frontiers in Plant Science分刊主编，Journal of Integrative Plant Biology, aBIOTECH, Theoretical and Applied Genetics, Journal of Integrative Agriculture (JIA) ,《作物学报》，《农业生物技术学报》编委。

团队简介

团队现有成员28人，其中领军人才3人，高层次人才5人。团队成员长期致力于作物数量遗传学、生物统计学和生物信息学方面研究，取得了系列原创性、突破性科研进展。团队创立以来发展了多亲群体遗传分析新方法，开发了复杂性状表型预测人工智能算法，创制了高效分子辅助育种工具，为作物分子设计育种提供了核心技术支撑。这些大数据计算方法和软件包在包括中国科学院、中国农科院、中国农大、美国康奈尔大学、法国农科院、德国马普研究所等多个国家上千家科研/育种机构广泛应用。先后主持国家基金委优秀青年科学基金项目、国家基金委面上项目、国际合作重点项目、国家自然科学基金国际（地区）合作与交流项目和海南省重点研发等项目，获得授权发明专利3项，申请发明专利2项，获得软件著作权13项。

团队定位

致力于打造“数据-技术-算法-决策”一体化的大数据遗传育种智能设计与决策平台，改变传统育种流程中核心环节受制于经验的局面，创新定向设计、高效培育新品种的新兴前沿技术，提出智能育种方案，提升我国种业核心竞争力。

代表性科研成果

基因挖掘智能算法研发

组装了泌盐植物互花米草高质量基因组，揭示了其耐盐的分子机制，为作物耐盐遗传改良提供了新的基因资源。

（Plant Biotechnology Journal, 2014）

研发基于深度学习的功能基因预测方法，解决了常规序列比对结果依赖设定阈值的问题，根据基因序列特征对基因功能智能分类，实现功能基因精准预测。

（The Plant Journal, 2023)

研发基于机器学习转录组注释的大语言模型，深度融合机器学习和大规模转录组数据，为完全未知功能的调控通路和关键基因的挖掘提供技术支撑。

（Horticulture Research, 2024）

研发深度学习全基因组预测的新方法DNNGP，实现育种大数据的高效整合与利用，实现对复杂性状的精准、高效预测。

(Molecular Plant, 2023; 申请发明专利1项202311218507.X，获软著1项 2023SR0948314)

研发人工智能驱动的植物育种流程，整合人工智能工具，在数据收集与整合、预测模型构建、基因库遗传多样性挖掘、高通量表型采集与分析等作物育种关键流程中的应用。

（Trends in Genetics, 2024）

研发多组学信息与现代育种技术有机结合提高育种遗传进度的整合策略，利用环境大数据预测优异基因型, 应对气候变化对粮食安全的挑战，挖掘玉米适应性关键位点，为玉米育种提供重要依据。

(Trends in Plant Science, 2018，Molecular Ecology 2019, G3: Genes|Genomes|Genetics, 2019)

智能设计育种工具研发

开发了面向育种数据处理全流程的智慧育种平台，该平台实现了育种数据管理和分析、计算加速、AI预测亲本及优良品种的育种全流程整合。

(Molecular Plant, 2024)

研发基于人工智能的全基因组预测系列软件，可以有效降低高通量基因型数据的处理和分析难度，简化表型和遗传分析中的编码工作，提供表型数据常用分析的便捷功能，实现智能算法与育种应用的有效对接。

（获软件著作权1项，2023SRO261205；申请国家发明专利3项2023SRO482439、 202311218507.X、2023SR0948314）